近年來有關基因改造食品有害健康的消息甚囂塵上，根據美國環境醫學研究院 (AAEM) 表示，基因改造食品實際上大多未經適當的測試，而且確實會對健康造成嚴重的負面影響。自從 1996 年基因改造食品開始大舉入侵糧食供應市場之後，慢性疾病及食物過敏等症狀的發生率已經是過去的 2 倍， AAEM 對此提出呼籲，表示人們應該極力避免基因改造食品。
很多動物實驗都已經顯示基因改造食品會對健康造成嚴重的影響，如不孕症、免疫系統疾病、加速老化、內分泌失調以及主要器官及腸胃問題等；其中又以孕婦及幼童最容易受害。根據一項動物實驗顯示，若是以基因改造大豆餵食老鼠，胎兒的死亡率即可達將近 100%；相較於餵食天然大豆，胎兒的死亡率只有 10%。食用基因改造大豆的老鼠所產下的胎兒體型也較小，甚至可能不孕。在印度，以基因改造飼料餵食的牲畜，如牛隻及豬隻等，也傳出有早產、流產及甚至假性懷孕等與生殖系統有關的併發症的消息。
最著名的基因改造作物即是所謂的 Bt 作物，以作物可自行製造 Bt 農藥為名。研究人員以 Bt 作物餵食老鼠 90 天之後即發現，老鼠的肝臟及腎臟都出現了中毒的反應，內分泌也出現了異狀。因此可推斷：這種基因改造作物可導致肝腎中毒以及內分泌失調。
同時，雄性老鼠的體重平均減少了 3.3%，磷和鈉的分泌量也有所降低；雌性老鼠的體重則增加了 3.7%，伴隨三酸甘油酯增加了 24% 至 40%。儘管研究人員目前還不清楚確切的原因，但是原因很可能就是 Bt 毒素造成血球細胞穿孔所致。
目前最普遍的基因改造作物共有 5 種：大豆、玉米、油菜籽、棉花籽及甜菜。大部分的食用油中都會有油菜籽及棉花籽油，因此天然的橄欖油可能會是較好的選擇。而多數的大豆及玉米製品也都是基因改造食品，因此必須注意標示，選擇標明非基因改造的產品。基因改造玉米也會用來餵食人工飼養的牲畜，所以食用牛肉及豬肉等肉類時要特別注意，否則你會在無意間成為二手基因玉米食用者。另外，甜菜則是一種新興的基因改造食品，因為價格低廉而有取代傳統精製糖的趨勢。
想要避免這些有害的食品，除了注意相關的最新資訊之外，選購並且支持當地生產的農作物可能也會是很好的選擇。跨國生技巨人孟山都已經發明了 PCB (多氯聯苯)、橙劑、阿斯巴甜、生長激素、基因改造種子以及強效除草劑等可怕的化學物質，一直以來他們都有著以基因改造種子控制世界食物供應的野心，由於消費者和部分國家的聯合抵制，他們暫時還無法得逞，但是他們並沒有放棄。一般消費者對於基因改造的危害認識有多深、反抗意識有多強烈，不僅關係著他們的計謀是否有機會進一步得逞，也關係著地球與人類未來的命運。
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