為了兼顧蔬果賣相及產量，在蔬果生長期間使用農藥，幾乎已是難以避免的事，除非是特別採用有機耕種或溫室栽培等技術，才能稍減蟲害的侵襲，但卻又會增加種植成本，消費者必需花多一些錢購買。
農藥殘留一直是民眾關切的議題，民以食為天，如果我們每天吃下肚的食物含有農藥，不管其含量多少都會造成消費者的恐慌。我們的日常生活中，原本就充滿了各式各樣的風險，因此，世界上並沒有絕對的「零風險」。
在此情況下，又該如何訂出大家可以接受的風險呢？風險是指發生危害的機率，其評估過程是透過一系列的危害程度研究，及各種發生情形的數學模式演算，將得出的數值再納入一個安全區間或係數，以確保能避免危害的發生。衛生署食品藥物管理局也依據上述原則，對合法可用的農藥訂出了適當使用下的殘留量，評估研訂出各農藥的「每日可接受攝取量（ADI）」，也就是說，在一定體重的人體中可接受而不影響健康的攝取量，並以「殘留農藥安全容許量標準」做為行政上的管制點。
為了維護國人食用農產品的安全，食品藥物管理局及各地方衛生局建立聯合分工檢驗體系，對農藥檢驗共同合作，多年來持續進行市售蔬果之農藥殘留監測。99 年度執行市售農產品殘留農藥監測計畫，1 至5 月份共抽驗農產品853件，結果有758 件符合規定（合格率89%），95 件與規定不符（不合格率11%）。
不合格農產品已立即通知衛生局追查來源，依法進行處理，並移請農政單位對農戶進行源頭輔導管理。當蔬果出現不符合「殘留農藥安全容許量」的情形時，並不表示會立即造成健康危害，只是政府應該採取措施的管制點，並不是健康危害的臨界點。將這次檢驗結果中與規定不符的檢體評估看來，以目前國人的飲食習慣，還不至於影響民眾健康。
衛生主管機關監測傳統市場、超級市場及量販店所陳售的蔬果，監測結果除了可以提供消費者選購時的參考資訊，並能督促業者加強進貨檢驗之自主管理措施。對於不符規定的蔬果，亦立即通知衛生局追查供應農戶，並依法進行後續處理。消費者選購蔬果時，最好選擇具有認證標章或良好信譽的商家產品，例如有吉園圃標誌者，以確保食用安全。
在食用或烹調蔬果之前，最好先以流動清水沖洗根部或果蒂處，根部摘除後，再以水浸泡10-20 分鐘，取出後去除不可食用的部位，再沖洗2-3 遍，徹底清洗更是去除殘餘農藥的好方法。而在品茗或飲用花草茶時，建議泡茶時先將第一泡茶倒掉，可降低攝入農藥的風險。
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